甫嵩为左中郎将、朱儁为右中郎将，各领一军，讨伐颍川一带的黄巾军。

汉军在首战并未得利，这年四月，朱儁军就被黄巾波才（黄巾军将领）击败，把朱儁围困在长社（古县名，治所在今河南长葛东）。皇甫嵩赶紧过来支援，一起进驻长社防守，却被波才率大军围城，汉军人少，士气低落。

五月，京师又派曹操率军支援皇甫嵩。不过援军快到时，皇甫嵩已心生一计，傍晚时分吹起大风，皇甫嵩命士兵手持火把暗暗出城，利用黄巾军营寨周围的杂草，用火攻大破敌人，大呼进攻，城上亦举出火把响应，皇甫嵩以鼓助战，冲入敌阵，黄巾军大乱，四处奔走。加上曹操的援军到了，黄巾军被皇甫嵩、朱儁和曹操三面夹击，大败。

皇甫嵩与领朱儁军继续进击汝南、陈国的黄巾军，追击波才到阳翟，并在西华大败彭脱（黄巾军将领），剩下的军队想逃到宛城，却被朱儁的部下孙坚抢先登城，于是大军前后夹击，大破黄巾军。至此，豫州一带的黄巾军基本被荡平。