o;文治多缺”的局面，朝廷取《易经》“大哉乾元”之义，建汉制国号谓“大元”（1271）；定制以开平为上都（1264）、燕京为大都（1272）；国家的行政、军事、监察、司法、财税等制度体系也逐渐完备。

隋唐王朝的行政中枢机构采取三省六部制。以后中书、门下两省权势渐衰，金朝废二省，止用尚书省领六部。由于大蒙古国时期借用“尚书省”作为大札鲁忽赤衙署的汉语译名，忽必烈改用“中书省”作为行政中枢的名称，以之领吏、户、礼、兵、刑、工六部。元初用重臣带中书省职衔到地方协调处理特殊事务，称为某处行中书省事，事毕撤罢。到忽必烈后期，派驻各地的行中书省（简称行省）逐渐成为常设的最高地方行政机构。依元代定制，除中书省直辖地区（含今山东、河北、山西、辽宁、内蒙等省区的大部或一部），全国划分为岭北、辽阳、河南江北、陕西、四川、甘肃、云南、江浙、江西、湖广等十余个行省，并设宣政院兼理吐蕃（今西藏及云、贵、川、青藏地区）军政。天山南北的诸多绿洲城池，元代中后叶大都在察合台系后王的控制下。原驻畏兀儿地区的高昌王亦都护家族退居永昌（在今甘肃）。元廷在位于元西北边境的哈迷里（今新疆哈密）安置了忠于元朝的一支察合台后裔，封为豳王。