形成一个以藏族为主体的瘾厮哕政权，一度在西夏、余王朝以及自蒙古高原西迁后的回鹘（即元代的畏兀儿）之间的长期斗争中扮演过不可忽视的角色。12世纪初，由于宋军的进攻，它被迫降夏，以后这个地区又被金军占领，但在十二至十三世纪的汉、藏关系中它已失却过去曾有过的那种重要性。

藏文史料说，西藏僧人最早进入蒙古地区，大概是在1209或1210年之间。那是搽里八派的藏巴东廓哇和他带领的六个弟子到蒙古弘扬佛教。因为不通蒙语，他们只能以手势传法，结果可能不太理想，所以他们从蒙古转道前往西夏。据说成吉思汗进兵西夏时，藏巴曾去向他说法，并获得一道保护僧人的谕旨。

在最初二十多年兵侵漠南的军事行动中，蒙古军队有好几次掠地至藏区边缘的今甘青、川北一带。在哲别统率的西征偏师中有“吐蕃帅”，他的部众应当就是在蒙藏早期接触中被蒙古收编的藏兵。

蒙古正式经略藏地始于1230年。分镇凉州（治今甘肃武威）的窝阔台次子阔端曾在1236年派兵降服甘南的几个藏人部落。1240年，他又派遣一小支军队，在朵斡耳答答剌罕率领下，深入吐蕃本部。蒙古军进至前藏的热振寺和杰拉康寺（两寺均属噶当派）。据藏文史料，蒙古军“给热振寺造成重大损害。思答笼寺被雾罩住，没有看见。杰拉康寺被焚毁，索敦等五百名出家僧人被杀。必里公寺的住持扎巴迥乃降下石雨，故必里公寺未遭损害。但是蒙古人要住持去当应供喇嘛（即把住持带回去接受蒙古人的供奉）。扎巴迥乃说：‘有个适合当你的应供喇嘛的人，住在西面’”。扎巴迥乃所指的，就是后藏萨斯迦派的法王萨斯迦班智达公哥监藏（1182-1251）。在当时的藏地中部，噶当派的寺院最大，必里公派住持的威望最高。但他们和前藏的其他法王们都对于面觐阔端心存畏忌，于是把今后100年间在藏域承制宣化的机会，拱手让给了萨斯迦派法王。