与令叔相比怎么样？”八思巴回答：“叔父的佛法浩如大海之水。我所掌握的，不过像用手指探海，点水于舌而已。”随行军中的忽必烈王妃察必先请八思巴传授金刚灌顶，就是请八思巴施行以水灌洒头顶的密宗仪式，表示由八思巴引进佛门，从此可以把喜金刚作为最根本的尊崇对象来修行。随后，忽必烈也要求接受灌顶。但是由八思巴传授灌顶就是以八思巴为师。从此“上师”就要坐于弟子的上座。这使忽必烈十分为难。经由察必调解，双方约定：今后八思巴讲论佛法或人少时，可以坐在上座；吐蕃之事先征求八思巴意见再下令旨；忽必烈处理俗界政务的正式场合则坐上座，八思巴不得对他徇情干预。

忽必烈即将从事的南征要经过藏地东部边缘。大概忽必烈曾与八思巴商讨蒙古军道经吐蕃时向藏人征发钱粮人力的问题。八思巴力图劝说忽必烈豁免藏地助军的义务，当然使忽必烈感到不大中意。所以这次会面时间似乎不长。八思巴“旬日即乞西还”，回到“凉州王宫之佛殿”。

1254年初，蒙古军攻灭大理国。忽必烈分军留滇经略未服诸部，自己取原路班师，于当年夏天再次驻牧于六盘山。这时八思巴已从凉州动身，正在赶回萨斯迦的途中，听说忽必烈北还的消息，八思巴中途折返，“驰驿径往王府”。他受到忽必烈的热情接待，获得忽必烈颁赐的藏文令旨。根据藏学家陈庆英的汉语译文，令旨说，这位蒙古宗王已从“上师”八思巴处获得信仰，接受灌顶，乃以教法和僧伽的施主自任，“故此特赐给上师八思巴此项褒护藏地方三宝之所依处及僧伽不受侵害之诏书”，并在过去赏赐之外，加赐白银56大锭、茶叶200包、锦缎110匹。作为一个宗王，忽必烈不能给予八思巴什么实际权力，所以只在这份令旨中重申保护藏地佛教和寺院的诺言而已。但对八思巴来说，重要的是，在阔端对西藏的决定性影响消失之后，萨斯迦派的新法王终于及时地找到了自己的新“施主”。他显然极其看重这一点。从1255年直到1280年去世，八思巴几乎每逢旧历新年都要给忽必烈写吉祥祝辞。他在1255年的新年祝辞中这样写道：“祈愿你这权势如大海、如须弥山、如日月珍宝之神中神健康长寿，所愿俱得成就！……你出身家族洁净高贵，财富受用等同如意宝树，祈愿你在尊胜众神所依止之须弥山胜于各方！……祈愿你像太阳照临各方！……为皇子胜于各方之故，持守清净戒律、智慧无畏之说法僧八思巴撰此祝辞。”佛教的“清净戒律”并不禁止高僧大德使用最华丽铺张的辞藻，为被他们认为是“真命有归”的统治者招徕吉祥与佛的护佑。