回军东向，进攻凤翔（今属陕西）。红巾军的死对头、河南“义军”将领察罕帖木儿（内迁河南后落籍在那里的畏兀儿人）率部驰援，红巾军战败。龙凤四年（1358），李喜喜率一部分西路红巾入川，退出西征的军事活动。李武、崔德等局促于陕西西北边隅，虽曾在次年（1359）攻占灵州（在今宁夏灵武西南）、宁夏路（治今宁夏银川）等地，但难以再进入关中核心地区。龙凤六年（1360）五月，崔德、李武向陕甘宁地区的地主武装头子李思齐投降。至此，西路军完全瓦解。

东路红巾军由毛贵率领。他是龙凤政权置于淮安（今属江苏）的“行中书省”将领，在海宁州（在今江苏连云港西南）被元军追袭，航海攻取山东。东路红巾军的北伐实际上从这时已经开始。龙凤三年（1357）二月至四月，毛贵占领了山东半岛大部，扼守益都（今属山东）。虎视全鲁。七月，镇守黄河的元“义兵”万户田丰倒戈，在鲁西南与毛贵东西呼应。四年正月，田丰取东平（今属山东），元漕运水路被切断。二月，毛贵克济南。从东西两面相向伸展的红巾势力遂得贯通山东。毛贵立“益都等处行中书省”，置“宾兴院”选用官员治理地方，在莱州（今山东掖县）建立屯田，征租十分之二。