元世祖时期，陕西关中地区的小麦“盛于天下”，关、陇、陕、洛出现了“年谷丰衍，民庶康乐”的景象。长江以南地区产量更高，仅江浙一省的岁粮总数就占了全国岁粮总数的三分之一。少数民族地区农业生产也有很大的发展，当时北至怯绿连河（克鲁伦河）、乞里吉思、谦谦州（均在今叶尼塞河上游一带），南至罗罗斯（四川南部）、乌蒙（云南昭通），均有屯田。

农业发展的成果还表现在：元代我国南北各地棉花种植的逐渐推广，也是当时农业生产上一项重要成就。

由于南方农业的发展，南道棉的产区扩大得较快。与此同时，棉花在北方陕甘一带也普遍种植。当时大半个中国，已遍植棉花。

当然，在恢复与发展中，各地情况是不平衡的。由于封建统治机构的腐朽，在元世祖晚年，部分地区在水利、屯田、劝农等项工作上已出现了停滞和衰败的现象。到元代中后期，水利建设遭到了严重破坏，土地兼并加剧，加上旱、疫、蝗、水等自然灾害，农业生产进一步衰败了。

兴盛的海运大都是全国的政治中心，当地农产品又无法满足首都的需求，于是，京都的粮食不得不“仰给于江南”。元政府除了利用陆路交通和运河外，又开辟了一条海运航线。