噶举派对蒙哥和阿里不哥表现出了比对忽必烈更多的热情。年轻的萨迦派教主八思巴却一直追随忽必烈，直至忽必烈取得帝位，被尊为国师、帝师。萨迦派依靠元朝最高统治者的支持在藏传佛教各派中占有了明显的优势地位，提高了本派的影响，扩大了本派的实力。在元朝统治的大部分时间里，萨迦派在西藏具有实权地位，他们是元朝在西藏各项政策的执行者。元朝一方面通过对萨迦昆氏家族的控制，以宗教和世俗上层维系其对西藏的控制，一方面在广大藏族地区建立各级政权机构，进行直接统治。

宪宗蒙哥时期，大汗及其同母诸弟和窝阔台子阔端在西藏都有封地，诸王在封地内设有类似管理中原封地最高长官的达鲁花赤一样的守土官。这时的分封，只限于乌思藏地区，尚未扩展至阿里。到忽必烈即位后，随着中央集权化的加强，在其确立了对包括阿里地区在内的整个西藏的统治后，没有再实行分封，而代之以派遣皇子西平王奥鲁赤出镇西藏地区。

中统元年（1260），忽必烈以八思巴为国师，掌管佛教事务。至元元年（1264），在元朝中央政府设总制院。掌释教僧徒和西藏事务，以国师八思巴统领院事，桑哥兼总制院使。至元二十五年（1288），“桑哥又以总制院所统西蕃诸宣慰司，军民财谷，事体甚重，宜有以崇异之”奏请，于是，“因唐制吐蕃来朝见于宣政殿之故，更名为宣政院”①。宣政院是专管佛教和西藏地方事务的中央机构。置院使二员、同知二员、副使二员，其人选则军民通摄，僧俗并用。西藏军民事务皆隶属宣政院管辖，小规模的军事活动，由宣政院直接处理，或置分院往镇；有大征伐则由宣政院会同枢密院讨论决定。