不专军，军不私将”，彼此相互掣肘，一切兵权均总揽于皇帝。在地方行政方面，废除了元代的行中书省，在全国设立十三布政使司（俗称省）。分权于布、都、按“三司”，即以布政使掌民政、钱谷；都指挥使掌军事；按察使掌刑法，从而改变了元代行省丞相独掌地方大权的局面。此后，行中书省的权力被一分为三，三司彼此互不统辖，相互牵制，直接听命于朝廷。地方事权受到削弱，而中央集权则得以空前强化。

明初刑律，包括律、令、诰和榜文四个方面。洪武六年（1373年），朱元璋任命刑部尚书刘惟谦制律，次年二月修成，此后又不断修订，于洪武三十年（1397年）正式颁行。此外，朱元璋还法外用刑，将旨意凌驾于《大明律》之上，编成《大诰三编》及《大诰武臣》，详尽地记载了有关惩治贪污、打击豪强以及防止百姓流亡的事例和律令。其中，列有不少酷刑，如凌迟、剥皮、枭首、抽肠、阉割、挑膝盖和族诛等，充分反映了朱元璋皇权专制的残酷和野蛮。当时，法外刑讯的机构是臭名昭著的锦衣卫。这一皇家的特务机关避开三法司，直接对皇帝负责。它可以任意捕人，加以拷讯、杀害。其所设置的监狱和刑具，用刑极为惨毒。而与之关系密切的一种刑法——廷杖，可以在殿廷上公开杖责因进谏而触怒皇帝或有过失的大臣，从而大大提高了皇帝的权威。