也有由十二监、四司、八局组成的宦官“二十四衙门”，主要职责是看守南京的宫阙陵寝并负责有关的祭祀活动。

留都南京与北京有同一套行政机构，官员的待遇也没有大的差别，但南京的管辖范围比北京小得多，基本上局限在南京城、应天府、南直隶等几个地方。而且，在南京任职的多是闲散退休或遭排斥的官员，职权远不如北京。但南京的行政机构对于朝廷实施对全国的有效管理还是起到相当作用的。例如南京户部就负责征收南直隶以及浙江、江西、湖广诸省的税粮，而这四个地区所交的税粮几乎占了全国的一半。南京户部在漕运中也扮演着重要角色，还负责全国黄册的收藏和管理。

六科是什么机构明朝不仅设置都察院来执行监察权，还设置吏科、户科、礼科、兵科、刑科、工科六科，将地方分区监察和朝廷按系统监察结合起来。六科对应吏、户、礼、兵、刑、工六部，职权在六部之上，主要职能是监察六部，以“稽查六部百司之事”为己任，代表皇帝加强对六部的控制。六科各设都给事中一人，分设给事中四至十人不等，办公衙门设在宫内午门前，日夜都值班，以显示监督权的重要性。凡有皇帝的诏令圣旨下达时，要由六科分类抄出，交付六部等有关部门执行；对于重大政令的执行情况，六科还要向皇帝回复报告。凡六部所写的章奏或执行政务有错误，六科都有权驳正并报告皇帝。另外，六科给事中还有“封驳”权。“封”就是对已颁下的圣旨，觉得有不妥或不便施行的地方，有权暂停执行并退回皇帝。“驳”就是对内阁、部院、各省的奏章发现有错误的，有权“驳正”。