理藩院尚书麟书、刑部侍郎薛允升为钦差大臣，火速前往江宁查办三牌楼案。

麟书、薛允升两个人不敢怠慢，于光绪八年（1882年）正月十八日抵达江宁，开始履行职责。当时，三牌楼案已经闹得朝野皆知，东南一带更是众说纷纭。麟书、薛允升充分知道此案的敏感性，不敢掉以轻心，沿途概不见客，谢绝一切酒席礼物，并对属员严加约束。抵达江南之后，两位钦差大臣迅速设立钦差行辕，第二天，也就是正月十九日，就不顾旅途劳顿，调取三牌楼全案的卷宗开始研究；第三天，正月二十日，洪汝奎、孙云锦、单之珩、严等人投案；从二十一日开始，钦差大臣提讯全案人犯。审讯的时候，行辕里面站堂、执行的人都是直接从刑部带来的书吏和差役。江宁本地的差役只在外面伺候，没有一个人进入大堂。这就尽可能地避免了受当地势力的影响。在这期间，除了新任两江总督左宗棠到钦差行辕进行礼节性拜访，麟书、薛允升二人和左宗棠寒暄了几句外，其他官员，包括巡抚、将军、总兵，钦差行辕一概挡驾。可见，两位钦差大臣做事是相当谨慎的。