在废墟上重建家园，修筑了宏伟壮观的大神庙等建筑，古城一度恢复了昔日的繁华和喧哗。但好景不长，大约在公元前2000年左右，游牧民族阿摩利人的铁蹄践踏了这里，再度将这个城市掳掠一空，临走时又放了一把大火将其焚烧。此后，阿摩利人长驱直入，到达巴比伦，建立了古巴比伦王国。埃勃拉城因迭遭浩劫，日渐衰落。公元前15世纪中叶，埃勃拉又遭到赫梯王国的掠夺，埃勃拉城郭基本被赫梯人所毁。从此，埃勃拉居民也突然消失得无影无踪。

埃勃拉毁灭性的灾难究竟是由于统治者内部的纷争造成的，还是由于来自北方的小亚细亚的强悍民族赫梯人的侵略，似乎已经成为永远解不开的历史之谜。有些学者认为，埃勃拉文化并没有随其城市的毁坏而消灭，它先被乌伽里特，后来被巴勒斯坦诸民族继承下来，但这些仅仅是推测而已。

总体来说，古埃勃拉王国的发现是一个具有划时代意义的重大历史事件，在这样一个严重干旱、人迹罕至、鸟兽绝迹的沙漠地区，人类曾经建立过一个繁荣的国家，创造过光辉灿烂的文化，的确是一个了不起的奇迹。将它列为“世界第八奇迹”，从某种意义上而言也不算过分。