继续对蒙古结亲、赏赐、分化、利用。他本人及其兄弟子侄，还有贝勒大臣几乎都娶蒙古人为妻。他的孝端文皇后、孝庄文皇后、宸妃都是蒙古科尔沁人。后来，他的儿子顺治当了皇帝，其妻孝惠章皇后也是科尔沁人，在蒙古诸部中，科尔沁与清朝的关系最为密切。乾隆曾巡视科尔沁，写诗赞颂这种关系：“塞牧虽称远，姻盟向最亲”张穆：《蒙古游牧记》，卷1，“科尔沁”。。同样，太宗及其宗室、大臣的女儿们也都出嫁到蒙古，甚至有些蒙古王公主动向后金求婚，要求娶宗室之女为妻，太宗总是给予满足。与宗室之女成婚的蒙古贝勒都称为“额驸”，受到极为优厚的礼遇。

在努尔哈赤时期与蒙古的关系，基本上是以对天地盟誓的形式，建立平等的联盟，除了表明双方共同对“天”负责外，彼此之间的约束并不很严格。鉴于指天地为誓的做法不那么靠得住，太宗的政策目标，是要把这种平等的联盟发展成为更牢固的从属关系。他不单单是与他们举行盟誓，而且还具体规定了双方承担的义务和责任。如蒙古不遵守誓约，即罚以马匹牛羊等物。当然，处罚时，太宗每每说清问题后，总是从宽处分，使蒙古人深受感化。天聪二年（1628年），太宗率大军征察哈尔，科尔沁土谢图汗额驸奥巴（鄂巴）从征，他纵兵掠夺，不去与后金兵会合。此役刚结束，他不待报告，竟率军先行回国。太宗大怒，派遣索尼、阿朱户两人赴科尔沁，给奥巴写去一封信，严厉谴责他违约，并历数早年科尔沁助叶赫攻打后金，努尔哈赤去世迟迟不来吊丧，两个月后才派了一个低级官员来等罪状。行前，太宗指示索尼两人：“你们见了他，不必行礼，不吃他的饭，不给他好脸色看，还要作出要走的样子，看他如何对待。”